1、 恒溫孵化 這是進行分批入孵的施溫方案。以滿足不同胚齡種蛋的需要。通常孵化器內有3—4批種蛋。在室溫過高時，整批孵化必然在孵化的中后期代謝熱大大過剩，分批入孵就可以充分利用代謝熱作為熱源，即可減少“自溫”超溫，又可節約能源。采取恒溫孵化時，新老蛋的位置一定要交錯放置，這樣老蛋多余的熱量被新蛋吸收，解決了在同一溫度條件下新蛋溫度的偏低、老蛋溫度的偏高的矛盾，從而提高了孵化率。通常機內空氣溫度控制在37.8℃。但應注意孵化機內上下、前后、左右的溫差不能太大，溫差越小越有利于孵化，一般情況下溫差不能超過0.1~0.2℃ ，溫差可通過調整進出氣孔等方式得到解決。如果溫差較大時，也應注意定時調盤；減少溫差對孵化率的影響。

2、變溫孵化，又叫整批孵化，適用于種蛋來源充足情況下所采用的孵化方法。由于鴨蛋大，特別是大型肉鴨種蛋，脂肪含量較高。孵化13天后，代謝熱上升較快，如不改變孵化機的溫度，會造成孵化機內局部超溫而引起胚蛋的死亡。針對不同胚齡的種蛋采取不同的孵化溫度，有利于胚胎的生長發育，特別是減少早期和后期胚胎的死亡。孵化的第1天溫度為39~39.5℃，第2天為38.5~39℃，第3天為38~38.5℃，第4~20天37.8℃，第21~25天37.5~37.6℃，第26~28天為37.2~37.3℃。第21天以后多數轉入出雛機孵化。采用變溫孵化時，應盡量減少機內的溫差，另外溫度的調整應做到快速而準確，特別是孵化的頭三天。